~bzr-pqm/bzr/bzr.dev

« back to all changes in this revision

Viewing changes to bzrlib/btree_index.py

  • Committer: Martin Pool
  • Date: 2010-03-29 08:20:54 UTC
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 5139.
  • Revision ID: mbp@sourcefrog.net-20100329082054-0aifa6g3pebz5959
Put CrashDb=bzr directly into the crash file

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
 
1
# Copyright (C) 2008, 2009, 2010 Canonical Ltd
 
2
#
 
3
# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 
4
# it under the terms of the GNU General Public License as published by
 
5
# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
 
6
# (at your option) any later version.
 
7
#
 
8
# This program is distributed in the hope that it will be useful,
 
9
# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 
10
# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 
11
# GNU General Public License for more details.
 
12
#
 
13
# You should have received a copy of the GNU General Public License
 
14
# along with this program; if not, write to the Free Software
 
15
# Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
 
16
#
 
17
 
 
18
"""B+Tree indices"""
 
19
 
 
20
import cStringIO
 
21
from bisect import bisect_right
 
22
import math
 
23
import tempfile
 
24
import zlib
 
25
 
 
26
from bzrlib import (
 
27
    chunk_writer,
 
28
    debug,
 
29
    errors,
 
30
    fifo_cache,
 
31
    index,
 
32
    lru_cache,
 
33
    osutils,
 
34
    static_tuple,
 
35
    trace,
 
36
    )
 
37
from bzrlib.index import _OPTION_NODE_REFS, _OPTION_KEY_ELEMENTS, _OPTION_LEN
 
38
from bzrlib.transport import get_transport
 
39
 
 
40
 
 
41
_BTSIGNATURE = "B+Tree Graph Index 2\n"
 
42
_OPTION_ROW_LENGTHS = "row_lengths="
 
43
_LEAF_FLAG = "type=leaf\n"
 
44
_INTERNAL_FLAG = "type=internal\n"
 
45
_INTERNAL_OFFSET = "offset="
 
46
 
 
47
_RESERVED_HEADER_BYTES = 120
 
48
_PAGE_SIZE = 4096
 
49
 
 
50
# 4K per page: 4MB - 1000 entries
 
51
_NODE_CACHE_SIZE = 1000
 
52
 
 
53
 
 
54
class _BuilderRow(object):
 
55
    """The stored state accumulated while writing out a row in the index.
 
56
 
 
57
    :ivar spool: A temporary file used to accumulate nodes for this row
 
58
        in the tree.
 
59
    :ivar nodes: The count of nodes emitted so far.
 
60
    """
 
61
 
 
62
    def __init__(self):
 
63
        """Create a _BuilderRow."""
 
64
        self.nodes = 0
 
65
        self.spool = None# tempfile.TemporaryFile(prefix='bzr-index-row-')
 
66
        self.writer = None
 
67
 
 
68
    def finish_node(self, pad=True):
 
69
        byte_lines, _, padding = self.writer.finish()
 
70
        if self.nodes == 0:
 
71
            self.spool = cStringIO.StringIO()
 
72
            # padded note:
 
73
            self.spool.write("\x00" * _RESERVED_HEADER_BYTES)
 
74
        elif self.nodes == 1:
 
75
            # We got bigger than 1 node, switch to a temp file
 
76
            spool = tempfile.TemporaryFile(prefix='bzr-index-row-')
 
77
            spool.write(self.spool.getvalue())
 
78
            self.spool = spool
 
79
        skipped_bytes = 0
 
80
        if not pad and padding:
 
81
            del byte_lines[-1]
 
82
            skipped_bytes = padding
 
83
        self.spool.writelines(byte_lines)
 
84
        remainder = (self.spool.tell() + skipped_bytes) % _PAGE_SIZE
 
85
        if remainder != 0:
 
86
            raise AssertionError("incorrect node length: %d, %d"
 
87
                                 % (self.spool.tell(), remainder))
 
88
        self.nodes += 1
 
89
        self.writer = None
 
90
 
 
91
 
 
92
class _InternalBuilderRow(_BuilderRow):
 
93
    """The stored state accumulated while writing out internal rows."""
 
94
 
 
95
    def finish_node(self, pad=True):
 
96
        if not pad:
 
97
            raise AssertionError("Must pad internal nodes only.")
 
98
        _BuilderRow.finish_node(self)
 
99
 
 
100
 
 
101
class _LeafBuilderRow(_BuilderRow):
 
102
    """The stored state accumulated while writing out a leaf rows."""
 
103
 
 
104
 
 
105
class BTreeBuilder(index.GraphIndexBuilder):
 
106
    """A Builder for B+Tree based Graph indices.
 
107
 
 
108
    The resulting graph has the structure:
 
109
 
 
110
    _SIGNATURE OPTIONS NODES
 
111
    _SIGNATURE     := 'B+Tree Graph Index 1' NEWLINE
 
112
    OPTIONS        := REF_LISTS KEY_ELEMENTS LENGTH
 
113
    REF_LISTS      := 'node_ref_lists=' DIGITS NEWLINE
 
114
    KEY_ELEMENTS   := 'key_elements=' DIGITS NEWLINE
 
115
    LENGTH         := 'len=' DIGITS NEWLINE
 
116
    ROW_LENGTHS    := 'row_lengths' DIGITS (COMMA DIGITS)*
 
117
    NODES          := NODE_COMPRESSED*
 
118
    NODE_COMPRESSED:= COMPRESSED_BYTES{4096}
 
119
    NODE_RAW       := INTERNAL | LEAF
 
120
    INTERNAL       := INTERNAL_FLAG POINTERS
 
121
    LEAF           := LEAF_FLAG ROWS
 
122
    KEY_ELEMENT    := Not-whitespace-utf8
 
123
    KEY            := KEY_ELEMENT (NULL KEY_ELEMENT)*
 
124
    ROWS           := ROW*
 
125
    ROW            := KEY NULL ABSENT? NULL REFERENCES NULL VALUE NEWLINE
 
126
    ABSENT         := 'a'
 
127
    REFERENCES     := REFERENCE_LIST (TAB REFERENCE_LIST){node_ref_lists - 1}
 
128
    REFERENCE_LIST := (REFERENCE (CR REFERENCE)*)?
 
129
    REFERENCE      := KEY
 
130
    VALUE          := no-newline-no-null-bytes
 
131
    """
 
132
 
 
133
    def __init__(self, reference_lists=0, key_elements=1, spill_at=100000):
 
134
        """See GraphIndexBuilder.__init__.
 
135
 
 
136
        :param spill_at: Optional parameter controlling the maximum number
 
137
            of nodes that BTreeBuilder will hold in memory.
 
138
        """
 
139
        index.GraphIndexBuilder.__init__(self, reference_lists=reference_lists,
 
140
            key_elements=key_elements)
 
141
        self._spill_at = spill_at
 
142
        self._backing_indices = []
 
143
        # A map of {key: (node_refs, value)}
 
144
        self._nodes = {}
 
145
        # Indicate it hasn't been built yet
 
146
        self._nodes_by_key = None
 
147
        self._optimize_for_size = False
 
148
 
 
149
    def add_node(self, key, value, references=()):
 
150
        """Add a node to the index.
 
151
 
 
152
        If adding the node causes the builder to reach its spill_at threshold,
 
153
        disk spilling will be triggered.
 
154
 
 
155
        :param key: The key. keys are non-empty tuples containing
 
156
            as many whitespace-free utf8 bytestrings as the key length
 
157
            defined for this index.
 
158
        :param references: An iterable of iterables of keys. Each is a
 
159
            reference to another key.
 
160
        :param value: The value to associate with the key. It may be any
 
161
            bytes as long as it does not contain \0 or \n.
 
162
        """
 
163
        # Ensure that 'key' is a StaticTuple
 
164
        key = static_tuple.StaticTuple.from_sequence(key).intern()
 
165
        # we don't care about absent_references
 
166
        node_refs, _ = self._check_key_ref_value(key, references, value)
 
167
        if key in self._nodes:
 
168
            raise errors.BadIndexDuplicateKey(key, self)
 
169
        self._nodes[key] = static_tuple.StaticTuple(node_refs, value)
 
170
        if self._nodes_by_key is not None and self._key_length > 1:
 
171
            self._update_nodes_by_key(key, value, node_refs)
 
172
        if len(self._nodes) < self._spill_at:
 
173
            return
 
174
        self._spill_mem_keys_to_disk()
 
175
 
 
176
    def _spill_mem_keys_to_disk(self):
 
177
        """Write the in memory keys down to disk to cap memory consumption.
 
178
 
 
179
        If we already have some keys written to disk, we will combine them so
 
180
        as to preserve the sorted order.  The algorithm for combining uses
 
181
        powers of two.  So on the first spill, write all mem nodes into a
 
182
        single index. On the second spill, combine the mem nodes with the nodes
 
183
        on disk to create a 2x sized disk index and get rid of the first index.
 
184
        On the third spill, create a single new disk index, which will contain
 
185
        the mem nodes, and preserve the existing 2x sized index.  On the fourth,
 
186
        combine mem with the first and second indexes, creating a new one of
 
187
        size 4x. On the fifth create a single new one, etc.
 
188
        """
 
189
        if self._combine_backing_indices:
 
190
            (new_backing_file, size,
 
191
             backing_pos) = self._spill_mem_keys_and_combine()
 
192
        else:
 
193
            new_backing_file, size = self._spill_mem_keys_without_combining()
 
194
        # Note: The transport here isn't strictly needed, because we will use
 
195
        #       direct access to the new_backing._file object
 
196
        new_backing = BTreeGraphIndex(get_transport('.'), '<temp>', size)
 
197
        # GC will clean up the file
 
198
        new_backing._file = new_backing_file
 
199
        if self._combine_backing_indices:
 
200
            if len(self._backing_indices) == backing_pos:
 
201
                self._backing_indices.append(None)
 
202
            self._backing_indices[backing_pos] = new_backing
 
203
            for backing_pos in range(backing_pos):
 
204
                self._backing_indices[backing_pos] = None
 
205
        else:
 
206
            self._backing_indices.append(new_backing)
 
207
        self._nodes = {}
 
208
        self._nodes_by_key = None
 
209
 
 
210
    def _spill_mem_keys_without_combining(self):
 
211
        return self._write_nodes(self._iter_mem_nodes(), allow_optimize=False)
 
212
 
 
213
    def _spill_mem_keys_and_combine(self):
 
214
        iterators_to_combine = [self._iter_mem_nodes()]
 
215
        pos = -1
 
216
        for pos, backing in enumerate(self._backing_indices):
 
217
            if backing is None:
 
218
                pos -= 1
 
219
                break
 
220
            iterators_to_combine.append(backing.iter_all_entries())
 
221
        backing_pos = pos + 1
 
222
        new_backing_file, size = \
 
223
            self._write_nodes(self._iter_smallest(iterators_to_combine),
 
224
                              allow_optimize=False)
 
225
        return new_backing_file, size, backing_pos
 
226
 
 
227
    def add_nodes(self, nodes):
 
228
        """Add nodes to the index.
 
229
 
 
230
        :param nodes: An iterable of (key, node_refs, value) entries to add.
 
231
        """
 
232
        if self.reference_lists:
 
233
            for (key, value, node_refs) in nodes:
 
234
                self.add_node(key, value, node_refs)
 
235
        else:
 
236
            for (key, value) in nodes:
 
237
                self.add_node(key, value)
 
238
 
 
239
    def _iter_mem_nodes(self):
 
240
        """Iterate over the nodes held in memory."""
 
241
        nodes = self._nodes
 
242
        if self.reference_lists:
 
243
            for key in sorted(nodes):
 
244
                references, value = nodes[key]
 
245
                yield self, key, value, references
 
246
        else:
 
247
            for key in sorted(nodes):
 
248
                references, value = nodes[key]
 
249
                yield self, key, value
 
250
 
 
251
    def _iter_smallest(self, iterators_to_combine):
 
252
        if len(iterators_to_combine) == 1:
 
253
            for value in iterators_to_combine[0]:
 
254
                yield value
 
255
            return
 
256
        current_values = []
 
257
        for iterator in iterators_to_combine:
 
258
            try:
 
259
                current_values.append(iterator.next())
 
260
            except StopIteration:
 
261
                current_values.append(None)
 
262
        last = None
 
263
        while True:
 
264
            # Decorate candidates with the value to allow 2.4's min to be used.
 
265
            candidates = [(item[1][1], item) for item
 
266
                in enumerate(current_values) if item[1] is not None]
 
267
            if not len(candidates):
 
268
                return
 
269
            selected = min(candidates)
 
270
            # undecorate back to (pos, node)
 
271
            selected = selected[1]
 
272
            if last == selected[1][1]:
 
273
                raise errors.BadIndexDuplicateKey(last, self)
 
274
            last = selected[1][1]
 
275
            # Yield, with self as the index
 
276
            yield (self,) + selected[1][1:]
 
277
            pos = selected[0]
 
278
            try:
 
279
                current_values[pos] = iterators_to_combine[pos].next()
 
280
            except StopIteration:
 
281
                current_values[pos] = None
 
282
 
 
283
    def _add_key(self, string_key, line, rows, allow_optimize=True):
 
284
        """Add a key to the current chunk.
 
285
 
 
286
        :param string_key: The key to add.
 
287
        :param line: The fully serialised key and value.
 
288
        :param allow_optimize: If set to False, prevent setting the optimize
 
289
            flag when writing out. This is used by the _spill_mem_keys_to_disk
 
290
            functionality.
 
291
        """
 
292
        if rows[-1].writer is None:
 
293
            # opening a new leaf chunk;
 
294
            for pos, internal_row in enumerate(rows[:-1]):
 
295
                # flesh out any internal nodes that are needed to
 
296
                # preserve the height of the tree
 
297
                if internal_row.writer is None:
 
298
                    length = _PAGE_SIZE
 
299
                    if internal_row.nodes == 0:
 
300
                        length -= _RESERVED_HEADER_BYTES # padded
 
301
                    if allow_optimize:
 
302
                        optimize_for_size = self._optimize_for_size
 
303
                    else:
 
304
                        optimize_for_size = False
 
305
                    internal_row.writer = chunk_writer.ChunkWriter(length, 0,
 
306
                        optimize_for_size=optimize_for_size)
 
307
                    internal_row.writer.write(_INTERNAL_FLAG)
 
308
                    internal_row.writer.write(_INTERNAL_OFFSET +
 
309
                        str(rows[pos + 1].nodes) + "\n")
 
310
            # add a new leaf
 
311
            length = _PAGE_SIZE
 
312
            if rows[-1].nodes == 0:
 
313
                length -= _RESERVED_HEADER_BYTES # padded
 
314
            rows[-1].writer = chunk_writer.ChunkWriter(length,
 
315
                optimize_for_size=self._optimize_for_size)
 
316
            rows[-1].writer.write(_LEAF_FLAG)
 
317
        if rows[-1].writer.write(line):
 
318
            # this key did not fit in the node:
 
319
            rows[-1].finish_node()
 
320
            key_line = string_key + "\n"
 
321
            new_row = True
 
322
            for row in reversed(rows[:-1]):
 
323
                # Mark the start of the next node in the node above. If it
 
324
                # doesn't fit then propagate upwards until we find one that
 
325
                # it does fit into.
 
326
                if row.writer.write(key_line):
 
327
                    row.finish_node()
 
328
                else:
 
329
                    # We've found a node that can handle the pointer.
 
330
                    new_row = False
 
331
                    break
 
332
            # If we reached the current root without being able to mark the
 
333
            # division point, then we need a new root:
 
334
            if new_row:
 
335
                # We need a new row
 
336
                if 'index' in debug.debug_flags:
 
337
                    trace.mutter('Inserting new global row.')
 
338
                new_row = _InternalBuilderRow()
 
339
                reserved_bytes = 0
 
340
                rows.insert(0, new_row)
 
341
                # This will be padded, hence the -100
 
342
                new_row.writer = chunk_writer.ChunkWriter(
 
343
                    _PAGE_SIZE - _RESERVED_HEADER_BYTES,
 
344
                    reserved_bytes,
 
345
                    optimize_for_size=self._optimize_for_size)
 
346
                new_row.writer.write(_INTERNAL_FLAG)
 
347
                new_row.writer.write(_INTERNAL_OFFSET +
 
348
                    str(rows[1].nodes - 1) + "\n")
 
349
                new_row.writer.write(key_line)
 
350
            self._add_key(string_key, line, rows, allow_optimize=allow_optimize)
 
351
 
 
352
    def _write_nodes(self, node_iterator, allow_optimize=True):
 
353
        """Write node_iterator out as a B+Tree.
 
354
 
 
355
        :param node_iterator: An iterator of sorted nodes. Each node should
 
356
            match the output given by iter_all_entries.
 
357
        :param allow_optimize: If set to False, prevent setting the optimize
 
358
            flag when writing out. This is used by the _spill_mem_keys_to_disk
 
359
            functionality.
 
360
        :return: A file handle for a temporary file containing a B+Tree for
 
361
            the nodes.
 
362
        """
 
363
        # The index rows - rows[0] is the root, rows[1] is the layer under it
 
364
        # etc.
 
365
        rows = []
 
366
        # forward sorted by key. In future we may consider topological sorting,
 
367
        # at the cost of table scans for direct lookup, or a second index for
 
368
        # direct lookup
 
369
        key_count = 0
 
370
        # A stack with the number of nodes of each size. 0 is the root node
 
371
        # and must always be 1 (if there are any nodes in the tree).
 
372
        self.row_lengths = []
 
373
        # Loop over all nodes adding them to the bottom row
 
374
        # (rows[-1]). When we finish a chunk in a row,
 
375
        # propagate the key that didn't fit (comes after the chunk) to the
 
376
        # row above, transitively.
 
377
        for node in node_iterator:
 
378
            if key_count == 0:
 
379
                # First key triggers the first row
 
380
                rows.append(_LeafBuilderRow())
 
381
            key_count += 1
 
382
            string_key, line = _btree_serializer._flatten_node(node,
 
383
                                    self.reference_lists)
 
384
            self._add_key(string_key, line, rows, allow_optimize=allow_optimize)
 
385
        for row in reversed(rows):
 
386
            pad = (type(row) != _LeafBuilderRow)
 
387
            row.finish_node(pad=pad)
 
388
        lines = [_BTSIGNATURE]
 
389
        lines.append(_OPTION_NODE_REFS + str(self.reference_lists) + '\n')
 
390
        lines.append(_OPTION_KEY_ELEMENTS + str(self._key_length) + '\n')
 
391
        lines.append(_OPTION_LEN + str(key_count) + '\n')
 
392
        row_lengths = [row.nodes for row in rows]
 
393
        lines.append(_OPTION_ROW_LENGTHS + ','.join(map(str, row_lengths)) + '\n')
 
394
        if row_lengths and row_lengths[-1] > 1:
 
395
            result = tempfile.NamedTemporaryFile(prefix='bzr-index-')
 
396
        else:
 
397
            result = cStringIO.StringIO()
 
398
        result.writelines(lines)
 
399
        position = sum(map(len, lines))
 
400
        root_row = True
 
401
        if position > _RESERVED_HEADER_BYTES:
 
402
            raise AssertionError("Could not fit the header in the"
 
403
                                 " reserved space: %d > %d"
 
404
                                 % (position, _RESERVED_HEADER_BYTES))
 
405
        # write the rows out:
 
406
        for row in rows:
 
407
            reserved = _RESERVED_HEADER_BYTES # reserved space for first node
 
408
            row.spool.flush()
 
409
            row.spool.seek(0)
 
410
            # copy nodes to the finalised file.
 
411
            # Special case the first node as it may be prefixed
 
412
            node = row.spool.read(_PAGE_SIZE)
 
413
            result.write(node[reserved:])
 
414
            if len(node) == _PAGE_SIZE:
 
415
                result.write("\x00" * (reserved - position))
 
416
            position = 0 # Only the root row actually has an offset
 
417
            copied_len = osutils.pumpfile(row.spool, result)
 
418
            if copied_len != (row.nodes - 1) * _PAGE_SIZE:
 
419
                if type(row) != _LeafBuilderRow:
 
420
                    raise AssertionError("Incorrect amount of data copied"
 
421
                        " expected: %d, got: %d"
 
422
                        % ((row.nodes - 1) * _PAGE_SIZE,
 
423
                           copied_len))
 
424
        result.flush()
 
425
        size = result.tell()
 
426
        result.seek(0)
 
427
        return result, size
 
428
 
 
429
    def finish(self):
 
430
        """Finalise the index.
 
431
 
 
432
        :return: A file handle for a temporary file containing the nodes added
 
433
            to the index.
 
434
        """
 
435
        return self._write_nodes(self.iter_all_entries())[0]
 
436
 
 
437
    def iter_all_entries(self):
 
438
        """Iterate over all keys within the index
 
439
 
 
440
        :return: An iterable of (index, key, value, reference_lists). There is
 
441
            no defined order for the result iteration - it will be in the most
 
442
            efficient order for the index (in this case dictionary hash order).
 
443
        """
 
444
        if 'evil' in debug.debug_flags:
 
445
            trace.mutter_callsite(3,
 
446
                "iter_all_entries scales with size of history.")
 
447
        # Doing serial rather than ordered would be faster; but this shouldn't
 
448
        # be getting called routinely anyway.
 
449
        iterators = [self._iter_mem_nodes()]
 
450
        for backing in self._backing_indices:
 
451
            if backing is not None:
 
452
                iterators.append(backing.iter_all_entries())
 
453
        if len(iterators) == 1:
 
454
            return iterators[0]
 
455
        return self._iter_smallest(iterators)
 
456
 
 
457
    def iter_entries(self, keys):
 
458
        """Iterate over keys within the index.
 
459
 
 
460
        :param keys: An iterable providing the keys to be retrieved.
 
461
        :return: An iterable of (index, key, value, reference_lists). There is no
 
462
            defined order for the result iteration - it will be in the most
 
463
            efficient order for the index (keys iteration order in this case).
 
464
        """
 
465
        keys = set(keys)
 
466
        # Note: We don't use keys.intersection() here. If you read the C api,
 
467
        #       set.intersection(other) special cases when other is a set and
 
468
        #       will iterate the smaller of the two and lookup in the other.
 
469
        #       It does *not* do this for any other type (even dict, unlike
 
470
        #       some other set functions.) Since we expect keys is generally <<
 
471
        #       self._nodes, it is faster to iterate over it in a list
 
472
        #       comprehension
 
473
        nodes = self._nodes
 
474
        local_keys = [key for key in keys if key in nodes]
 
475
        if self.reference_lists:
 
476
            for key in local_keys:
 
477
                node = nodes[key]
 
478
                yield self, key, node[1], node[0]
 
479
        else:
 
480
            for key in local_keys:
 
481
                node = nodes[key]
 
482
                yield self, key, node[1]
 
483
        # Find things that are in backing indices that have not been handled
 
484
        # yet.
 
485
        if not self._backing_indices:
 
486
            return # We won't find anything there either
 
487
        # Remove all of the keys that we found locally
 
488
        keys.difference_update(local_keys)
 
489
        for backing in self._backing_indices:
 
490
            if backing is None:
 
491
                continue
 
492
            if not keys:
 
493
                return
 
494
            for node in backing.iter_entries(keys):
 
495
                keys.remove(node[1])
 
496
                yield (self,) + node[1:]
 
497
 
 
498
    def iter_entries_prefix(self, keys):
 
499
        """Iterate over keys within the index using prefix matching.
 
500
 
 
501
        Prefix matching is applied within the tuple of a key, not to within
 
502
        the bytestring of each key element. e.g. if you have the keys ('foo',
 
503
        'bar'), ('foobar', 'gam') and do a prefix search for ('foo', None) then
 
504
        only the former key is returned.
 
505
 
 
506
        :param keys: An iterable providing the key prefixes to be retrieved.
 
507
            Each key prefix takes the form of a tuple the length of a key, but
 
508
            with the last N elements 'None' rather than a regular bytestring.
 
509
            The first element cannot be 'None'.
 
510
        :return: An iterable as per iter_all_entries, but restricted to the
 
511
            keys with a matching prefix to those supplied. No additional keys
 
512
            will be returned, and every match that is in the index will be
 
513
            returned.
 
514
        """
 
515
        # XXX: To much duplication with the GraphIndex class; consider finding
 
516
        # a good place to pull out the actual common logic.
 
517
        keys = set(keys)
 
518
        if not keys:
 
519
            return
 
520
        for backing in self._backing_indices:
 
521
            if backing is None:
 
522
                continue
 
523
            for node in backing.iter_entries_prefix(keys):
 
524
                yield (self,) + node[1:]
 
525
        if self._key_length == 1:
 
526
            for key in keys:
 
527
                # sanity check
 
528
                if key[0] is None:
 
529
                    raise errors.BadIndexKey(key)
 
530
                if len(key) != self._key_length:
 
531
                    raise errors.BadIndexKey(key)
 
532
                try:
 
533
                    node = self._nodes[key]
 
534
                except KeyError:
 
535
                    continue
 
536
                if self.reference_lists:
 
537
                    yield self, key, node[1], node[0]
 
538
                else:
 
539
                    yield self, key, node[1]
 
540
            return
 
541
        for key in keys:
 
542
            # sanity check
 
543
            if key[0] is None:
 
544
                raise errors.BadIndexKey(key)
 
545
            if len(key) != self._key_length:
 
546
                raise errors.BadIndexKey(key)
 
547
            # find what it refers to:
 
548
            key_dict = self._get_nodes_by_key()
 
549
            elements = list(key)
 
550
            # find the subdict to return
 
551
            try:
 
552
                while len(elements) and elements[0] is not None:
 
553
                    key_dict = key_dict[elements[0]]
 
554
                    elements.pop(0)
 
555
            except KeyError:
 
556
                # a non-existant lookup.
 
557
                continue
 
558
            if len(elements):
 
559
                dicts = [key_dict]
 
560
                while dicts:
 
561
                    key_dict = dicts.pop(-1)
 
562
                    # can't be empty or would not exist
 
563
                    item, value = key_dict.iteritems().next()
 
564
                    if type(value) == dict:
 
565
                        # push keys
 
566
                        dicts.extend(key_dict.itervalues())
 
567
                    else:
 
568
                        # yield keys
 
569
                        for value in key_dict.itervalues():
 
570
                            yield (self, ) + value
 
571
            else:
 
572
                yield (self, ) + key_dict
 
573
 
 
574
    def _get_nodes_by_key(self):
 
575
        if self._nodes_by_key is None:
 
576
            nodes_by_key = {}
 
577
            if self.reference_lists:
 
578
                for key, (references, value) in self._nodes.iteritems():
 
579
                    key_dict = nodes_by_key
 
580
                    for subkey in key[:-1]:
 
581
                        key_dict = key_dict.setdefault(subkey, {})
 
582
                    key_dict[key[-1]] = key, value, references
 
583
            else:
 
584
                for key, (references, value) in self._nodes.iteritems():
 
585
                    key_dict = nodes_by_key
 
586
                    for subkey in key[:-1]:
 
587
                        key_dict = key_dict.setdefault(subkey, {})
 
588
                    key_dict[key[-1]] = key, value
 
589
            self._nodes_by_key = nodes_by_key
 
590
        return self._nodes_by_key
 
591
 
 
592
    def key_count(self):
 
593
        """Return an estimate of the number of keys in this index.
 
594
 
 
595
        For InMemoryGraphIndex the estimate is exact.
 
596
        """
 
597
        return len(self._nodes) + sum(backing.key_count() for backing in
 
598
            self._backing_indices if backing is not None)
 
599
 
 
600
    def validate(self):
 
601
        """In memory index's have no known corruption at the moment."""
 
602
 
 
603
 
 
604
class _LeafNode(object):
 
605
    """A leaf node for a serialised B+Tree index."""
 
606
 
 
607
    __slots__ = ('keys', 'min_key', 'max_key')
 
608
 
 
609
    def __init__(self, bytes, key_length, ref_list_length):
 
610
        """Parse bytes to create a leaf node object."""
 
611
        # splitlines mangles the \r delimiters.. don't use it.
 
612
        key_list = _btree_serializer._parse_leaf_lines(bytes,
 
613
            key_length, ref_list_length)
 
614
        if key_list:
 
615
            self.min_key = key_list[0][0]
 
616
            self.max_key = key_list[-1][0]
 
617
        else:
 
618
            self.min_key = self.max_key = None
 
619
        self.keys = dict(key_list)
 
620
 
 
621
 
 
622
class _InternalNode(object):
 
623
    """An internal node for a serialised B+Tree index."""
 
624
 
 
625
    __slots__ = ('keys', 'offset')
 
626
 
 
627
    def __init__(self, bytes):
 
628
        """Parse bytes to create an internal node object."""
 
629
        # splitlines mangles the \r delimiters.. don't use it.
 
630
        self.keys = self._parse_lines(bytes.split('\n'))
 
631
 
 
632
    def _parse_lines(self, lines):
 
633
        nodes = []
 
634
        self.offset = int(lines[1][7:])
 
635
        as_st = static_tuple.StaticTuple.from_sequence
 
636
        for line in lines[2:]:
 
637
            if line == '':
 
638
                break
 
639
            nodes.append(as_st(map(intern, line.split('\0'))).intern())
 
640
        return nodes
 
641
 
 
642
 
 
643
class BTreeGraphIndex(object):
 
644
    """Access to nodes via the standard GraphIndex interface for B+Tree's.
 
645
 
 
646
    Individual nodes are held in a LRU cache. This holds the root node in
 
647
    memory except when very large walks are done.
 
648
    """
 
649
 
 
650
    def __init__(self, transport, name, size, unlimited_cache=False):
 
651
        """Create a B+Tree index object on the index name.
 
652
 
 
653
        :param transport: The transport to read data for the index from.
 
654
        :param name: The file name of the index on transport.
 
655
        :param size: Optional size of the index in bytes. This allows
 
656
            compatibility with the GraphIndex API, as well as ensuring that
 
657
            the initial read (to read the root node header) can be done
 
658
            without over-reading even on empty indices, and on small indices
 
659
            allows single-IO to read the entire index.
 
660
        :param unlimited_cache: If set to True, then instead of using an
 
661
            LRUCache with size _NODE_CACHE_SIZE, we will use a dict and always
 
662
            cache all leaf nodes.
 
663
        """
 
664
        self._transport = transport
 
665
        self._name = name
 
666
        self._size = size
 
667
        self._file = None
 
668
        self._recommended_pages = self._compute_recommended_pages()
 
669
        self._root_node = None
 
670
        # Default max size is 100,000 leave values
 
671
        self._leaf_value_cache = None # lru_cache.LRUCache(100*1000)
 
672
        if unlimited_cache:
 
673
            self._leaf_node_cache = {}
 
674
            self._internal_node_cache = {}
 
675
        else:
 
676
            self._leaf_node_cache = lru_cache.LRUCache(_NODE_CACHE_SIZE)
 
677
            # We use a FIFO here just to prevent possible blowout. However, a
 
678
            # 300k record btree has only 3k leaf nodes, and only 20 internal
 
679
            # nodes. A value of 100 scales to ~100*100*100 = 1M records.
 
680
            self._internal_node_cache = fifo_cache.FIFOCache(100)
 
681
        self._key_count = None
 
682
        self._row_lengths = None
 
683
        self._row_offsets = None # Start of each row, [-1] is the end
 
684
 
 
685
    def __eq__(self, other):
 
686
        """Equal when self and other were created with the same parameters."""
 
687
        return (
 
688
            type(self) == type(other) and
 
689
            self._transport == other._transport and
 
690
            self._name == other._name and
 
691
            self._size == other._size)
 
692
 
 
693
    def __ne__(self, other):
 
694
        return not self.__eq__(other)
 
695
 
 
696
    def _get_and_cache_nodes(self, nodes):
 
697
        """Read nodes and cache them in the lru.
 
698
 
 
699
        The nodes list supplied is sorted and then read from disk, each node
 
700
        being inserted it into the _node_cache.
 
701
 
 
702
        Note: Asking for more nodes than the _node_cache can contain will
 
703
        result in some of the results being immediately discarded, to prevent
 
704
        this an assertion is raised if more nodes are asked for than are
 
705
        cachable.
 
706
 
 
707
        :return: A dict of {node_pos: node}
 
708
        """
 
709
        found = {}
 
710
        start_of_leaves = None
 
711
        for node_pos, node in self._read_nodes(sorted(nodes)):
 
712
            if node_pos == 0: # Special case
 
713
                self._root_node = node
 
714
            else:
 
715
                if start_of_leaves is None:
 
716
                    start_of_leaves = self._row_offsets[-2]
 
717
                if node_pos < start_of_leaves:
 
718
                    self._internal_node_cache[node_pos] = node
 
719
                else:
 
720
                    self._leaf_node_cache[node_pos] = node
 
721
            found[node_pos] = node
 
722
        return found
 
723
 
 
724
    def _compute_recommended_pages(self):
 
725
        """Convert transport's recommended_page_size into btree pages.
 
726
 
 
727
        recommended_page_size is in bytes, we want to know how many _PAGE_SIZE
 
728
        pages fit in that length.
 
729
        """
 
730
        recommended_read = self._transport.recommended_page_size()
 
731
        recommended_pages = int(math.ceil(recommended_read /
 
732
                                          float(_PAGE_SIZE)))
 
733
        return recommended_pages
 
734
 
 
735
    def _compute_total_pages_in_index(self):
 
736
        """How many pages are in the index.
 
737
 
 
738
        If we have read the header we will use the value stored there.
 
739
        Otherwise it will be computed based on the length of the index.
 
740
        """
 
741
        if self._size is None:
 
742
            raise AssertionError('_compute_total_pages_in_index should not be'
 
743
                                 ' called when self._size is None')
 
744
        if self._root_node is not None:
 
745
            # This is the number of pages as defined by the header
 
746
            return self._row_offsets[-1]
 
747
        # This is the number of pages as defined by the size of the index. They
 
748
        # should be indentical.
 
749
        total_pages = int(math.ceil(self._size / float(_PAGE_SIZE)))
 
750
        return total_pages
 
751
 
 
752
    def _expand_offsets(self, offsets):
 
753
        """Find extra pages to download.
 
754
 
 
755
        The idea is that we always want to make big-enough requests (like 64kB
 
756
        for http), so that we don't waste round trips. So given the entries
 
757
        that we already have cached and the new pages being downloaded figure
 
758
        out what other pages we might want to read.
 
759
 
 
760
        See also doc/developers/btree_index_prefetch.txt for more details.
 
761
 
 
762
        :param offsets: The offsets to be read
 
763
        :return: A list of offsets to download
 
764
        """
 
765
        if 'index' in debug.debug_flags:
 
766
            trace.mutter('expanding: %s\toffsets: %s', self._name, offsets)
 
767
 
 
768
        if len(offsets) >= self._recommended_pages:
 
769
            # Don't add more, we are already requesting more than enough
 
770
            if 'index' in debug.debug_flags:
 
771
                trace.mutter('  not expanding large request (%s >= %s)',
 
772
                             len(offsets), self._recommended_pages)
 
773
            return offsets
 
774
        if self._size is None:
 
775
            # Don't try anything, because we don't know where the file ends
 
776
            if 'index' in debug.debug_flags:
 
777
                trace.mutter('  not expanding without knowing index size')
 
778
            return offsets
 
779
        total_pages = self._compute_total_pages_in_index()
 
780
        cached_offsets = self._get_offsets_to_cached_pages()
 
781
        # If reading recommended_pages would read the rest of the index, just
 
782
        # do so.
 
783
        if total_pages - len(cached_offsets) <= self._recommended_pages:
 
784
            # Read whatever is left
 
785
            if cached_offsets:
 
786
                expanded = [x for x in xrange(total_pages)
 
787
                               if x not in cached_offsets]
 
788
            else:
 
789
                expanded = range(total_pages)
 
790
            if 'index' in debug.debug_flags:
 
791
                trace.mutter('  reading all unread pages: %s', expanded)
 
792
            return expanded
 
793
 
 
794
        if self._root_node is None:
 
795
            # ATM on the first read of the root node of a large index, we don't
 
796
            # bother pre-reading any other pages. This is because the
 
797
            # likelyhood of actually reading interesting pages is very low.
 
798
            # See doc/developers/btree_index_prefetch.txt for a discussion, and
 
799
            # a possible implementation when we are guessing that the second
 
800
            # layer index is small
 
801
            final_offsets = offsets
 
802
        else:
 
803
            tree_depth = len(self._row_lengths)
 
804
            if len(cached_offsets) < tree_depth and len(offsets) == 1:
 
805
                # We haven't read enough to justify expansion
 
806
                # If we are only going to read the root node, and 1 leaf node,
 
807
                # then it isn't worth expanding our request. Once we've read at
 
808
                # least 2 nodes, then we are probably doing a search, and we
 
809
                # start expanding our requests.
 
810
                if 'index' in debug.debug_flags:
 
811
                    trace.mutter('  not expanding on first reads')
 
812
                return offsets
 
813
            final_offsets = self._expand_to_neighbors(offsets, cached_offsets,
 
814
                                                      total_pages)
 
815
 
 
816
        final_offsets = sorted(final_offsets)
 
817
        if 'index' in debug.debug_flags:
 
818
            trace.mutter('expanded:  %s', final_offsets)
 
819
        return final_offsets
 
820
 
 
821
    def _expand_to_neighbors(self, offsets, cached_offsets, total_pages):
 
822
        """Expand requests to neighbors until we have enough pages.
 
823
 
 
824
        This is called from _expand_offsets after policy has determined that we
 
825
        want to expand.
 
826
        We only want to expand requests within a given layer. We cheat a little
 
827
        bit and assume all requests will be in the same layer. This is true
 
828
        given the current design, but if it changes this algorithm may perform
 
829
        oddly.
 
830
 
 
831
        :param offsets: requested offsets
 
832
        :param cached_offsets: offsets for pages we currently have cached
 
833
        :return: A set() of offsets after expansion
 
834
        """
 
835
        final_offsets = set(offsets)
 
836
        first = end = None
 
837
        new_tips = set(final_offsets)
 
838
        while len(final_offsets) < self._recommended_pages and new_tips:
 
839
            next_tips = set()
 
840
            for pos in new_tips:
 
841
                if first is None:
 
842
                    first, end = self._find_layer_first_and_end(pos)
 
843
                previous = pos - 1
 
844
                if (previous > 0
 
845
                    and previous not in cached_offsets
 
846
                    and previous not in final_offsets
 
847
                    and previous >= first):
 
848
                    next_tips.add(previous)
 
849
                after = pos + 1
 
850
                if (after < total_pages
 
851
                    and after not in cached_offsets
 
852
                    and after not in final_offsets
 
853
                    and after < end):
 
854
                    next_tips.add(after)
 
855
                # This would keep us from going bigger than
 
856
                # recommended_pages by only expanding the first offsets.
 
857
                # However, if we are making a 'wide' request, it is
 
858
                # reasonable to expand all points equally.
 
859
                # if len(final_offsets) > recommended_pages:
 
860
                #     break
 
861
            final_offsets.update(next_tips)
 
862
            new_tips = next_tips
 
863
        return final_offsets
 
864
 
 
865
    def clear_cache(self):
 
866
        """Clear out any cached/memoized values.
 
867
 
 
868
        This can be called at any time, but generally it is used when we have
 
869
        extracted some information, but don't expect to be requesting any more
 
870
        from this index.
 
871
        """
 
872
        # Note that we don't touch self._root_node or self._internal_node_cache
 
873
        # We don't expect either of those to be big, and it can save
 
874
        # round-trips in the future. We may re-evaluate this if InternalNode
 
875
        # memory starts to be an issue.
 
876
        self._leaf_node_cache.clear()
 
877
 
 
878
    def external_references(self, ref_list_num):
 
879
        if self._root_node is None:
 
880
            self._get_root_node()
 
881
        if ref_list_num + 1 > self.node_ref_lists:
 
882
            raise ValueError('No ref list %d, index has %d ref lists'
 
883
                % (ref_list_num, self.node_ref_lists))
 
884
        keys = set()
 
885
        refs = set()
 
886
        for node in self.iter_all_entries():
 
887
            keys.add(node[1])
 
888
            refs.update(node[3][ref_list_num])
 
889
        return refs - keys
 
890
 
 
891
    def _find_layer_first_and_end(self, offset):
 
892
        """Find the start/stop nodes for the layer corresponding to offset.
 
893
 
 
894
        :return: (first, end)
 
895
            first is the first node in this layer
 
896
            end is the first node of the next layer
 
897
        """
 
898
        first = end = 0
 
899
        for roffset in self._row_offsets:
 
900
            first = end
 
901
            end = roffset
 
902
            if offset < roffset:
 
903
                break
 
904
        return first, end
 
905
 
 
906
    def _get_offsets_to_cached_pages(self):
 
907
        """Determine what nodes we already have cached."""
 
908
        cached_offsets = set(self._internal_node_cache.keys())
 
909
        cached_offsets.update(self._leaf_node_cache.keys())
 
910
        if self._root_node is not None:
 
911
            cached_offsets.add(0)
 
912
        return cached_offsets
 
913
 
 
914
    def _get_root_node(self):
 
915
        if self._root_node is None:
 
916
            # We may not have a root node yet
 
917
            self._get_internal_nodes([0])
 
918
        return self._root_node
 
919
 
 
920
    def _get_nodes(self, cache, node_indexes):
 
921
        found = {}
 
922
        needed = []
 
923
        for idx in node_indexes:
 
924
            if idx == 0 and self._root_node is not None:
 
925
                found[0] = self._root_node
 
926
                continue
 
927
            try:
 
928
                found[idx] = cache[idx]
 
929
            except KeyError:
 
930
                needed.append(idx)
 
931
        if not needed:
 
932
            return found
 
933
        needed = self._expand_offsets(needed)
 
934
        found.update(self._get_and_cache_nodes(needed))
 
935
        return found
 
936
 
 
937
    def _get_internal_nodes(self, node_indexes):
 
938
        """Get a node, from cache or disk.
 
939
 
 
940
        After getting it, the node will be cached.
 
941
        """
 
942
        return self._get_nodes(self._internal_node_cache, node_indexes)
 
943
 
 
944
    def _cache_leaf_values(self, nodes):
 
945
        """Cache directly from key => value, skipping the btree."""
 
946
        if self._leaf_value_cache is not None:
 
947
            for node in nodes.itervalues():
 
948
                for key, value in node.keys.iteritems():
 
949
                    if key in self._leaf_value_cache:
 
950
                        # Don't add the rest of the keys, we've seen this node
 
951
                        # before.
 
952
                        break
 
953
                    self._leaf_value_cache[key] = value
 
954
 
 
955
    def _get_leaf_nodes(self, node_indexes):
 
956
        """Get a bunch of nodes, from cache or disk."""
 
957
        found = self._get_nodes(self._leaf_node_cache, node_indexes)
 
958
        self._cache_leaf_values(found)
 
959
        return found
 
960
 
 
961
    def iter_all_entries(self):
 
962
        """Iterate over all keys within the index.
 
963
 
 
964
        :return: An iterable of (index, key, value) or (index, key, value, reference_lists).
 
965
            The former tuple is used when there are no reference lists in the
 
966
            index, making the API compatible with simple key:value index types.
 
967
            There is no defined order for the result iteration - it will be in
 
968
            the most efficient order for the index.
 
969
        """
 
970
        if 'evil' in debug.debug_flags:
 
971
            trace.mutter_callsite(3,
 
972
                "iter_all_entries scales with size of history.")
 
973
        if not self.key_count():
 
974
            return
 
975
        if self._row_offsets[-1] == 1:
 
976
            # There is only the root node, and we read that via key_count()
 
977
            if self.node_ref_lists:
 
978
                for key, (value, refs) in sorted(self._root_node.keys.items()):
 
979
                    yield (self, key, value, refs)
 
980
            else:
 
981
                for key, (value, refs) in sorted(self._root_node.keys.items()):
 
982
                    yield (self, key, value)
 
983
            return
 
984
        start_of_leaves = self._row_offsets[-2]
 
985
        end_of_leaves = self._row_offsets[-1]
 
986
        needed_offsets = range(start_of_leaves, end_of_leaves)
 
987
        if needed_offsets == [0]:
 
988
            # Special case when we only have a root node, as we have already
 
989
            # read everything
 
990
            nodes = [(0, self._root_node)]
 
991
        else:
 
992
            nodes = self._read_nodes(needed_offsets)
 
993
        # We iterate strictly in-order so that we can use this function
 
994
        # for spilling index builds to disk.
 
995
        if self.node_ref_lists:
 
996
            for _, node in nodes:
 
997
                for key, (value, refs) in sorted(node.keys.items()):
 
998
                    yield (self, key, value, refs)
 
999
        else:
 
1000
            for _, node in nodes:
 
1001
                for key, (value, refs) in sorted(node.keys.items()):
 
1002
                    yield (self, key, value)
 
1003
 
 
1004
    @staticmethod
 
1005
    def _multi_bisect_right(in_keys, fixed_keys):
 
1006
        """Find the positions where each 'in_key' would fit in fixed_keys.
 
1007
 
 
1008
        This is equivalent to doing "bisect_right" on each in_key into
 
1009
        fixed_keys
 
1010
 
 
1011
        :param in_keys: A sorted list of keys to match with fixed_keys
 
1012
        :param fixed_keys: A sorted list of keys to match against
 
1013
        :return: A list of (integer position, [key list]) tuples.
 
1014
        """
 
1015
        if not in_keys:
 
1016
            return []
 
1017
        if not fixed_keys:
 
1018
            # no pointers in the fixed_keys list, which means everything must
 
1019
            # fall to the left.
 
1020
            return [(0, in_keys)]
 
1021
 
 
1022
        # TODO: Iterating both lists will generally take M + N steps
 
1023
        #       Bisecting each key will generally take M * log2 N steps.
 
1024
        #       If we had an efficient way to compare, we could pick the method
 
1025
        #       based on which has the fewer number of steps.
 
1026
        #       There is also the argument that bisect_right is a compiled
 
1027
        #       function, so there is even more to be gained.
 
1028
        # iter_steps = len(in_keys) + len(fixed_keys)
 
1029
        # bisect_steps = len(in_keys) * math.log(len(fixed_keys), 2)
 
1030
        if len(in_keys) == 1: # Bisect will always be faster for M = 1
 
1031
            return [(bisect_right(fixed_keys, in_keys[0]), in_keys)]
 
1032
        # elif bisect_steps < iter_steps:
 
1033
        #     offsets = {}
 
1034
        #     for key in in_keys:
 
1035
        #         offsets.setdefault(bisect_right(fixed_keys, key),
 
1036
        #                            []).append(key)
 
1037
        #     return [(o, offsets[o]) for o in sorted(offsets)]
 
1038
        in_keys_iter = iter(in_keys)
 
1039
        fixed_keys_iter = enumerate(fixed_keys)
 
1040
        cur_in_key = in_keys_iter.next()
 
1041
        cur_fixed_offset, cur_fixed_key = fixed_keys_iter.next()
 
1042
 
 
1043
        class InputDone(Exception): pass
 
1044
        class FixedDone(Exception): pass
 
1045
 
 
1046
        output = []
 
1047
        cur_out = []
 
1048
 
 
1049
        # TODO: Another possibility is that rather than iterating on each side,
 
1050
        #       we could use a combination of bisecting and iterating. For
 
1051
        #       example, while cur_in_key < fixed_key, bisect to find its
 
1052
        #       point, then iterate all matching keys, then bisect (restricted
 
1053
        #       to only the remainder) for the next one, etc.
 
1054
        try:
 
1055
            while True:
 
1056
                if cur_in_key < cur_fixed_key:
 
1057
                    cur_keys = []
 
1058
                    cur_out = (cur_fixed_offset, cur_keys)
 
1059
                    output.append(cur_out)
 
1060
                    while cur_in_key < cur_fixed_key:
 
1061
                        cur_keys.append(cur_in_key)
 
1062
                        try:
 
1063
                            cur_in_key = in_keys_iter.next()
 
1064
                        except StopIteration:
 
1065
                            raise InputDone
 
1066
                    # At this point cur_in_key must be >= cur_fixed_key
 
1067
                # step the cur_fixed_key until we pass the cur key, or walk off
 
1068
                # the end
 
1069
                while cur_in_key >= cur_fixed_key:
 
1070
                    try:
 
1071
                        cur_fixed_offset, cur_fixed_key = fixed_keys_iter.next()
 
1072
                    except StopIteration:
 
1073
                        raise FixedDone
 
1074
        except InputDone:
 
1075
            # We consumed all of the input, nothing more to do
 
1076
            pass
 
1077
        except FixedDone:
 
1078
            # There was some input left, but we consumed all of fixed, so we
 
1079
            # have to add one more for the tail
 
1080
            cur_keys = [cur_in_key]
 
1081
            cur_keys.extend(in_keys_iter)
 
1082
            cur_out = (len(fixed_keys), cur_keys)
 
1083
            output.append(cur_out)
 
1084
        return output
 
1085
 
 
1086
    def _walk_through_internal_nodes(self, keys):
 
1087
        """Take the given set of keys, and find the corresponding LeafNodes.
 
1088
 
 
1089
        :param keys: An unsorted iterable of keys to search for
 
1090
        :return: (nodes, index_and_keys)
 
1091
            nodes is a dict mapping {index: LeafNode}
 
1092
            keys_at_index is a list of tuples of [(index, [keys for Leaf])]
 
1093
        """
 
1094
        # 6 seconds spent in miss_torture using the sorted() line.
 
1095
        # Even with out of order disk IO it seems faster not to sort it when
 
1096
        # large queries are being made.
 
1097
        keys_at_index = [(0, sorted(keys))]
 
1098
 
 
1099
        for row_pos, next_row_start in enumerate(self._row_offsets[1:-1]):
 
1100
            node_indexes = [idx for idx, s_keys in keys_at_index]
 
1101
            nodes = self._get_internal_nodes(node_indexes)
 
1102
 
 
1103
            next_nodes_and_keys = []
 
1104
            for node_index, sub_keys in keys_at_index:
 
1105
                node = nodes[node_index]
 
1106
                positions = self._multi_bisect_right(sub_keys, node.keys)
 
1107
                node_offset = next_row_start + node.offset
 
1108
                next_nodes_and_keys.extend([(node_offset + pos, s_keys)
 
1109
                                           for pos, s_keys in positions])
 
1110
            keys_at_index = next_nodes_and_keys
 
1111
        # We should now be at the _LeafNodes
 
1112
        node_indexes = [idx for idx, s_keys in keys_at_index]
 
1113
 
 
1114
        # TODO: We may *not* want to always read all the nodes in one
 
1115
        #       big go. Consider setting a max size on this.
 
1116
        nodes = self._get_leaf_nodes(node_indexes)
 
1117
        return nodes, keys_at_index
 
1118
 
 
1119
    def iter_entries(self, keys):
 
1120
        """Iterate over keys within the index.
 
1121
 
 
1122
        :param keys: An iterable providing the keys to be retrieved.
 
1123
        :return: An iterable as per iter_all_entries, but restricted to the
 
1124
            keys supplied. No additional keys will be returned, and every
 
1125
            key supplied that is in the index will be returned.
 
1126
        """
 
1127
        # 6 seconds spent in miss_torture using the sorted() line.
 
1128
        # Even with out of order disk IO it seems faster not to sort it when
 
1129
        # large queries are being made.
 
1130
        # However, now that we are doing multi-way bisecting, we need the keys
 
1131
        # in sorted order anyway. We could change the multi-way code to not
 
1132
        # require sorted order. (For example, it bisects for the first node,
 
1133
        # does an in-order search until a key comes before the current point,
 
1134
        # which it then bisects for, etc.)
 
1135
        keys = frozenset(keys)
 
1136
        if not keys:
 
1137
            return
 
1138
 
 
1139
        if not self.key_count():
 
1140
            return
 
1141
 
 
1142
        needed_keys = []
 
1143
        if self._leaf_value_cache is None:
 
1144
            needed_keys = keys
 
1145
        else:
 
1146
            for key in keys:
 
1147
                value = self._leaf_value_cache.get(key, None)
 
1148
                if value is not None:
 
1149
                    # This key is known not to be here, skip it
 
1150
                    value, refs = value
 
1151
                    if self.node_ref_lists:
 
1152
                        yield (self, key, value, refs)
 
1153
                    else:
 
1154
                        yield (self, key, value)
 
1155
                else:
 
1156
                    needed_keys.append(key)
 
1157
 
 
1158
        last_key = None
 
1159
        needed_keys = keys
 
1160
        if not needed_keys:
 
1161
            return
 
1162
        nodes, nodes_and_keys = self._walk_through_internal_nodes(needed_keys)
 
1163
        for node_index, sub_keys in nodes_and_keys:
 
1164
            if not sub_keys:
 
1165
                continue
 
1166
            node = nodes[node_index]
 
1167
            for next_sub_key in sub_keys:
 
1168
                if next_sub_key in node.keys:
 
1169
                    value, refs = node.keys[next_sub_key]
 
1170
                    if self.node_ref_lists:
 
1171
                        yield (self, next_sub_key, value, refs)
 
1172
                    else:
 
1173
                        yield (self, next_sub_key, value)
 
1174
 
 
1175
    def _find_ancestors(self, keys, ref_list_num, parent_map, missing_keys):
 
1176
        """Find the parent_map information for the set of keys.
 
1177
 
 
1178
        This populates the parent_map dict and missing_keys set based on the
 
1179
        queried keys. It also can fill out an arbitrary number of parents that
 
1180
        it finds while searching for the supplied keys.
 
1181
 
 
1182
        It is unlikely that you want to call this directly. See
 
1183
        "CombinedGraphIndex.find_ancestry()" for a more appropriate API.
 
1184
 
 
1185
        :param keys: A keys whose ancestry we want to return
 
1186
            Every key will either end up in 'parent_map' or 'missing_keys'.
 
1187
        :param ref_list_num: This index in the ref_lists is the parents we
 
1188
            care about.
 
1189
        :param parent_map: {key: parent_keys} for keys that are present in this
 
1190
            index. This may contain more entries than were in 'keys', that are
 
1191
            reachable ancestors of the keys requested.
 
1192
        :param missing_keys: keys which are known to be missing in this index.
 
1193
            This may include parents that were not directly requested, but we
 
1194
            were able to determine that they are not present in this index.
 
1195
        :return: search_keys    parents that were found but not queried to know
 
1196
            if they are missing or present. Callers can re-query this index for
 
1197
            those keys, and they will be placed into parent_map or missing_keys
 
1198
        """
 
1199
        if not self.key_count():
 
1200
            # We use key_count() to trigger reading the root node and
 
1201
            # determining info about this BTreeGraphIndex
 
1202
            # If we don't have any keys, then everything is missing
 
1203
            missing_keys.update(keys)
 
1204
            return set()
 
1205
        if ref_list_num >= self.node_ref_lists:
 
1206
            raise ValueError('No ref list %d, index has %d ref lists'
 
1207
                % (ref_list_num, self.node_ref_lists))
 
1208
 
 
1209
        # The main trick we are trying to accomplish is that when we find a
 
1210
        # key listing its parents, we expect that the parent key is also likely
 
1211
        # to sit on the same page. Allowing us to expand parents quickly
 
1212
        # without suffering the full stack of bisecting, etc.
 
1213
        nodes, nodes_and_keys = self._walk_through_internal_nodes(keys)
 
1214
 
 
1215
        # These are parent keys which could not be immediately resolved on the
 
1216
        # page where the child was present. Note that we may already be
 
1217
        # searching for that key, and it may actually be present [or known
 
1218
        # missing] on one of the other pages we are reading.
 
1219
        # TODO:
 
1220
        #   We could try searching for them in the immediate previous or next
 
1221
        #   page. If they occur "later" we could put them in a pending lookup
 
1222
        #   set, and then for each node we read thereafter we could check to
 
1223
        #   see if they are present.
 
1224
        #   However, we don't know the impact of keeping this list of things
 
1225
        #   that I'm going to search for every node I come across from here on
 
1226
        #   out.
 
1227
        #   It doesn't handle the case when the parent key is missing on a
 
1228
        #   page that we *don't* read. So we already have to handle being
 
1229
        #   re-entrant for that.
 
1230
        #   Since most keys contain a date string, they are more likely to be
 
1231
        #   found earlier in the file than later, but we would know that right
 
1232
        #   away (key < min_key), and wouldn't keep searching it on every other
 
1233
        #   page that we read.
 
1234
        #   Mostly, it is an idea, one which should be benchmarked.
 
1235
        parents_not_on_page = set()
 
1236
 
 
1237
        for node_index, sub_keys in nodes_and_keys:
 
1238
            if not sub_keys:
 
1239
                continue
 
1240
            # sub_keys is all of the keys we are looking for that should exist
 
1241
            # on this page, if they aren't here, then they won't be found
 
1242
            node = nodes[node_index]
 
1243
            node_keys = node.keys
 
1244
            parents_to_check = set()
 
1245
            for next_sub_key in sub_keys:
 
1246
                if next_sub_key not in node_keys:
 
1247
                    # This one is just not present in the index at all
 
1248
                    missing_keys.add(next_sub_key)
 
1249
                else:
 
1250
                    value, refs = node_keys[next_sub_key]
 
1251
                    parent_keys = refs[ref_list_num]
 
1252
                    parent_map[next_sub_key] = parent_keys
 
1253
                    parents_to_check.update(parent_keys)
 
1254
            # Don't look for things we've already found
 
1255
            parents_to_check = parents_to_check.difference(parent_map)
 
1256
            # this can be used to test the benefit of having the check loop
 
1257
            # inlined.
 
1258
            # parents_not_on_page.update(parents_to_check)
 
1259
            # continue
 
1260
            while parents_to_check:
 
1261
                next_parents_to_check = set()
 
1262
                for key in parents_to_check:
 
1263
                    if key in node_keys:
 
1264
                        value, refs = node_keys[key]
 
1265
                        parent_keys = refs[ref_list_num]
 
1266
                        parent_map[key] = parent_keys
 
1267
                        next_parents_to_check.update(parent_keys)
 
1268
                    else:
 
1269
                        # This parent either is genuinely missing, or should be
 
1270
                        # found on another page. Perf test whether it is better
 
1271
                        # to check if this node should fit on this page or not.
 
1272
                        # in the 'everything-in-one-pack' scenario, this *not*
 
1273
                        # doing the check is 237ms vs 243ms.
 
1274
                        # So slightly better, but I assume the standard 'lots
 
1275
                        # of packs' is going to show a reasonable improvement
 
1276
                        # from the check, because it avoids 'going around
 
1277
                        # again' for everything that is in another index
 
1278
                        # parents_not_on_page.add(key)
 
1279
                        # Missing for some reason
 
1280
                        if key < node.min_key:
 
1281
                            # in the case of bzr.dev, 3.4k/5.3k misses are
 
1282
                            # 'earlier' misses (65%)
 
1283
                            parents_not_on_page.add(key)
 
1284
                        elif key > node.max_key:
 
1285
                            # This parent key would be present on a different
 
1286
                            # LeafNode
 
1287
                            parents_not_on_page.add(key)
 
1288
                        else:
 
1289
                            # assert key != node.min_key and key != node.max_key
 
1290
                            # If it was going to be present, it would be on
 
1291
                            # *this* page, so mark it missing.
 
1292
                            missing_keys.add(key)
 
1293
                parents_to_check = next_parents_to_check.difference(parent_map)
 
1294
                # Might want to do another .difference() from missing_keys
 
1295
        # parents_not_on_page could have been found on a different page, or be
 
1296
        # known to be missing. So cull out everything that has already been
 
1297
        # found.
 
1298
        search_keys = parents_not_on_page.difference(
 
1299
            parent_map).difference(missing_keys)
 
1300
        return search_keys
 
1301
 
 
1302
    def iter_entries_prefix(self, keys):
 
1303
        """Iterate over keys within the index using prefix matching.
 
1304
 
 
1305
        Prefix matching is applied within the tuple of a key, not to within
 
1306
        the bytestring of each key element. e.g. if you have the keys ('foo',
 
1307
        'bar'), ('foobar', 'gam') and do a prefix search for ('foo', None) then
 
1308
        only the former key is returned.
 
1309
 
 
1310
        WARNING: Note that this method currently causes a full index parse
 
1311
        unconditionally (which is reasonably appropriate as it is a means for
 
1312
        thunking many small indices into one larger one and still supplies
 
1313
        iter_all_entries at the thunk layer).
 
1314
 
 
1315
        :param keys: An iterable providing the key prefixes to be retrieved.
 
1316
            Each key prefix takes the form of a tuple the length of a key, but
 
1317
            with the last N elements 'None' rather than a regular bytestring.
 
1318
            The first element cannot be 'None'.
 
1319
        :return: An iterable as per iter_all_entries, but restricted to the
 
1320
            keys with a matching prefix to those supplied. No additional keys
 
1321
            will be returned, and every match that is in the index will be
 
1322
            returned.
 
1323
        """
 
1324
        keys = sorted(set(keys))
 
1325
        if not keys:
 
1326
            return
 
1327
        # Load if needed to check key lengths
 
1328
        if self._key_count is None:
 
1329
            self._get_root_node()
 
1330
        # TODO: only access nodes that can satisfy the prefixes we are looking
 
1331
        # for. For now, to meet API usage (as this function is not used by
 
1332
        # current bzrlib) just suck the entire index and iterate in memory.
 
1333
        nodes = {}
 
1334
        if self.node_ref_lists:
 
1335
            if self._key_length == 1:
 
1336
                for _1, key, value, refs in self.iter_all_entries():
 
1337
                    nodes[key] = value, refs
 
1338
            else:
 
1339
                nodes_by_key = {}
 
1340
                for _1, key, value, refs in self.iter_all_entries():
 
1341
                    key_value = key, value, refs
 
1342
                    # For a key of (foo, bar, baz) create
 
1343
                    # _nodes_by_key[foo][bar][baz] = key_value
 
1344
                    key_dict = nodes_by_key
 
1345
                    for subkey in key[:-1]:
 
1346
                        key_dict = key_dict.setdefault(subkey, {})
 
1347
                    key_dict[key[-1]] = key_value
 
1348
        else:
 
1349
            if self._key_length == 1:
 
1350
                for _1, key, value in self.iter_all_entries():
 
1351
                    nodes[key] = value
 
1352
            else:
 
1353
                nodes_by_key = {}
 
1354
                for _1, key, value in self.iter_all_entries():
 
1355
                    key_value = key, value
 
1356
                    # For a key of (foo, bar, baz) create
 
1357
                    # _nodes_by_key[foo][bar][baz] = key_value
 
1358
                    key_dict = nodes_by_key
 
1359
                    for subkey in key[:-1]:
 
1360
                        key_dict = key_dict.setdefault(subkey, {})
 
1361
                    key_dict[key[-1]] = key_value
 
1362
        if self._key_length == 1:
 
1363
            for key in keys:
 
1364
                # sanity check
 
1365
                if key[0] is None:
 
1366
                    raise errors.BadIndexKey(key)
 
1367
                if len(key) != self._key_length:
 
1368
                    raise errors.BadIndexKey(key)
 
1369
                try:
 
1370
                    if self.node_ref_lists:
 
1371
                        value, node_refs = nodes[key]
 
1372
                        yield self, key, value, node_refs
 
1373
                    else:
 
1374
                        yield self, key, nodes[key]
 
1375
                except KeyError:
 
1376
                    pass
 
1377
            return
 
1378
        for key in keys:
 
1379
            # sanity check
 
1380
            if key[0] is None:
 
1381
                raise errors.BadIndexKey(key)
 
1382
            if len(key) != self._key_length:
 
1383
                raise errors.BadIndexKey(key)
 
1384
            # find what it refers to:
 
1385
            key_dict = nodes_by_key
 
1386
            elements = list(key)
 
1387
            # find the subdict whose contents should be returned.
 
1388
            try:
 
1389
                while len(elements) and elements[0] is not None:
 
1390
                    key_dict = key_dict[elements[0]]
 
1391
                    elements.pop(0)
 
1392
            except KeyError:
 
1393
                # a non-existant lookup.
 
1394
                continue
 
1395
            if len(elements):
 
1396
                dicts = [key_dict]
 
1397
                while dicts:
 
1398
                    key_dict = dicts.pop(-1)
 
1399
                    # can't be empty or would not exist
 
1400
                    item, value = key_dict.iteritems().next()
 
1401
                    if type(value) == dict:
 
1402
                        # push keys
 
1403
                        dicts.extend(key_dict.itervalues())
 
1404
                    else:
 
1405
                        # yield keys
 
1406
                        for value in key_dict.itervalues():
 
1407
                            # each value is the key:value:node refs tuple
 
1408
                            # ready to yield.
 
1409
                            yield (self, ) + value
 
1410
            else:
 
1411
                # the last thing looked up was a terminal element
 
1412
                yield (self, ) + key_dict
 
1413
 
 
1414
    def key_count(self):
 
1415
        """Return an estimate of the number of keys in this index.
 
1416
 
 
1417
        For BTreeGraphIndex the estimate is exact as it is contained in the
 
1418
        header.
 
1419
        """
 
1420
        if self._key_count is None:
 
1421
            self._get_root_node()
 
1422
        return self._key_count
 
1423
 
 
1424
    def _compute_row_offsets(self):
 
1425
        """Fill out the _row_offsets attribute based on _row_lengths."""
 
1426
        offsets = []
 
1427
        row_offset = 0
 
1428
        for row in self._row_lengths:
 
1429
            offsets.append(row_offset)
 
1430
            row_offset += row
 
1431
        offsets.append(row_offset)
 
1432
        self._row_offsets = offsets
 
1433
 
 
1434
    def _parse_header_from_bytes(self, bytes):
 
1435
        """Parse the header from a region of bytes.
 
1436
 
 
1437
        :param bytes: The data to parse.
 
1438
        :return: An offset, data tuple such as readv yields, for the unparsed
 
1439
            data. (which may be of length 0).
 
1440
        """
 
1441
        signature = bytes[0:len(self._signature())]
 
1442
        if not signature == self._signature():
 
1443
            raise errors.BadIndexFormatSignature(self._name, BTreeGraphIndex)
 
1444
        lines = bytes[len(self._signature()):].splitlines()
 
1445
        options_line = lines[0]
 
1446
        if not options_line.startswith(_OPTION_NODE_REFS):
 
1447
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1448
        try:
 
1449
            self.node_ref_lists = int(options_line[len(_OPTION_NODE_REFS):])
 
1450
        except ValueError:
 
1451
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1452
        options_line = lines[1]
 
1453
        if not options_line.startswith(_OPTION_KEY_ELEMENTS):
 
1454
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1455
        try:
 
1456
            self._key_length = int(options_line[len(_OPTION_KEY_ELEMENTS):])
 
1457
        except ValueError:
 
1458
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1459
        options_line = lines[2]
 
1460
        if not options_line.startswith(_OPTION_LEN):
 
1461
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1462
        try:
 
1463
            self._key_count = int(options_line[len(_OPTION_LEN):])
 
1464
        except ValueError:
 
1465
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1466
        options_line = lines[3]
 
1467
        if not options_line.startswith(_OPTION_ROW_LENGTHS):
 
1468
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1469
        try:
 
1470
            self._row_lengths = map(int, [length for length in
 
1471
                options_line[len(_OPTION_ROW_LENGTHS):].split(',')
 
1472
                if len(length)])
 
1473
        except ValueError:
 
1474
            raise errors.BadIndexOptions(self)
 
1475
        self._compute_row_offsets()
 
1476
 
 
1477
        # calculate the bytes we have processed
 
1478
        header_end = (len(signature) + sum(map(len, lines[0:4])) + 4)
 
1479
        return header_end, bytes[header_end:]
 
1480
 
 
1481
    def _read_nodes(self, nodes):
 
1482
        """Read some nodes from disk into the LRU cache.
 
1483
 
 
1484
        This performs a readv to get the node data into memory, and parses each
 
1485
        node, then yields it to the caller. The nodes are requested in the
 
1486
        supplied order. If possible doing sort() on the list before requesting
 
1487
        a read may improve performance.
 
1488
 
 
1489
        :param nodes: The nodes to read. 0 - first node, 1 - second node etc.
 
1490
        :return: None
 
1491
        """
 
1492
        # may be the byte string of the whole file
 
1493
        bytes = None
 
1494
        # list of (offset, length) regions of the file that should, evenually
 
1495
        # be read in to data_ranges, either from 'bytes' or from the transport
 
1496
        ranges = []
 
1497
        for index in nodes:
 
1498
            offset = index * _PAGE_SIZE
 
1499
            size = _PAGE_SIZE
 
1500
            if index == 0:
 
1501
                # Root node - special case
 
1502
                if self._size:
 
1503
                    size = min(_PAGE_SIZE, self._size)
 
1504
                else:
 
1505
                    # The only case where we don't know the size, is for very
 
1506
                    # small indexes. So we read the whole thing
 
1507
                    bytes = self._transport.get_bytes(self._name)
 
1508
                    self._size = len(bytes)
 
1509
                    # the whole thing should be parsed out of 'bytes'
 
1510
                    ranges.append((0, len(bytes)))
 
1511
                    break
 
1512
            else:
 
1513
                if offset > self._size:
 
1514
                    raise AssertionError('tried to read past the end'
 
1515
                                         ' of the file %s > %s'
 
1516
                                         % (offset, self._size))
 
1517
                size = min(size, self._size - offset)
 
1518
            ranges.append((offset, size))
 
1519
        if not ranges:
 
1520
            return
 
1521
        elif bytes is not None:
 
1522
            # already have the whole file
 
1523
            data_ranges = [(start, bytes[start:start+_PAGE_SIZE])
 
1524
                           for start in xrange(0, len(bytes), _PAGE_SIZE)]
 
1525
        elif self._file is None:
 
1526
            data_ranges = self._transport.readv(self._name, ranges)
 
1527
        else:
 
1528
            data_ranges = []
 
1529
            for offset, size in ranges:
 
1530
                self._file.seek(offset)
 
1531
                data_ranges.append((offset, self._file.read(size)))
 
1532
        for offset, data in data_ranges:
 
1533
            if offset == 0:
 
1534
                # extract the header
 
1535
                offset, data = self._parse_header_from_bytes(data)
 
1536
                if len(data) == 0:
 
1537
                    continue
 
1538
            bytes = zlib.decompress(data)
 
1539
            if bytes.startswith(_LEAF_FLAG):
 
1540
                node = _LeafNode(bytes, self._key_length, self.node_ref_lists)
 
1541
            elif bytes.startswith(_INTERNAL_FLAG):
 
1542
                node = _InternalNode(bytes)
 
1543
            else:
 
1544
                raise AssertionError("Unknown node type for %r" % bytes)
 
1545
            yield offset / _PAGE_SIZE, node
 
1546
 
 
1547
    def _signature(self):
 
1548
        """The file signature for this index type."""
 
1549
        return _BTSIGNATURE
 
1550
 
 
1551
    def validate(self):
 
1552
        """Validate that everything in the index can be accessed."""
 
1553
        # just read and parse every node.
 
1554
        self._get_root_node()
 
1555
        if len(self._row_lengths) > 1:
 
1556
            start_node = self._row_offsets[1]
 
1557
        else:
 
1558
            # We shouldn't be reading anything anyway
 
1559
            start_node = 1
 
1560
        node_end = self._row_offsets[-1]
 
1561
        for node in self._read_nodes(range(start_node, node_end)):
 
1562
            pass
 
1563
 
 
1564
 
 
1565
try:
 
1566
    from bzrlib import _btree_serializer_pyx as _btree_serializer
 
1567
except ImportError, e:
 
1568
    osutils.failed_to_load_extension(e)
 
1569
    from bzrlib import _btree_serializer_py as _btree_serializer