Simplify mutable_tree.has_changes() and update call sites.

* bzrlib/workingtree.py:
(WorkingTree.merge_from_branch): Add a force parameter. Replace
the check_basis() call by the corresponding code, taken the new
'force' parameter into account.

* bzrlib/tests/test_status.py:
(TestStatus.make_multiple_pending_tree): Add force=True on
supplementary merges.

* bzrlib/tests/test_reconfigure.py:
(TestReconfigure): Add a test for pending merges.

* bzrlib/tests/test_msgeditor.py:
(MsgEditorTest.make_multiple_pending_tree): Add force=True on
supplementary merges.

* bzrlib/tests/blackbox/test_uncommit.py:
(TestUncommit.test_uncommit_octopus_merge): Add force=True on
supplementary merges.

* bzrlib/send.py:
(send): Use the simplified has_changes(). Fix typo in comment too.

* bzrlib/reconfigure.py:
(Reconfigure._check): Use the simplified has_changes().

* bzrlib/mutabletree.py:
(MutableTree.has_changes): Make the tree parameter optional but
retain it for tests. Add a pending merges check.

* bzrlib/merge.py:
(Merger.ensure_revision_trees, Merger.file_revisions,
Merger.check_basis, Merger.compare_basis): Deprecate.

* bzrlib/bundle/apply_bundle.py:
(merge_bundle): Replace the check_basis() call by the
corresponding code.

* bzrlib/builtins.py:
(cmd_remove_tree.run, cmd_push.run, cmd_merge.run): Use the
simplified has_changes().
(cmd_merge.run): Replace the check_basis call() by the corresponding
code (minus the alredy done has_changes() check).