Change the way iter_changes treats specific files to prevent InconsistentDeltas.

This is the internal core code that handles specific file operations like ``bzr st
FILENAME`` or ``bzr commit FILENAME``, and has been changed to include the
parent directories if they have altered, and when a directory stops being
a directory its children are always included.  This fixes a number of
causes for ``InconsistentDelta`` errors, and permits faster commit of
specific paths. (Robert Collins, #347649)