Implement get_missing_parents in terms of _KeyRefs.

This gives _GCGraphIndex a _key_dependencies variable.

Things still fail, because get_missing_parent_inventories() assumes that
fileids_altered_by_revision_ids will return file_ids for revisions
outside of the actual revisions requested.
CHKInventoryRepository actually explicitly eliminates those keys.
We may just need a custom get_missing_parent_inventories, but one
way or another we have issues.