Refactor some code.
Move the key, reference, value checking into a helper function.
This func also finds absent references, but that should have
minimal overhead either way.
Also use the _update_nodes_by_key functionality for both
indexes, as _nodes_by_key has the same signature.
Move _spill_mem_keys_to_disk into a separate function
not necessary, but it makes add_node() easier to understand.