Bugfix the new pull --clobber to not generate spurious conflicts.

When --clobber clobbered the history, a bad merge base was used.

Supporting this:
* merge.merge_inner now has tempdir as an optional parameter. (Robert Collins)

* Tree.kind is not recorded at the top level of the hierarchy, as it was
  missing on EmptyTree, leading to a bug with merge on EmptyTrees.
  (Robert Collins)